Constituída em Casablanca, Marrocos, com representantes de dez organizações de Angola, Cabo Verde, Guiné, Goa, Moçambique e São Tomé e Príncipe.

É antecedido pelo MAC - Movimento Anti-Colonialista, fundado em dezembro de 1957, em Paris, numa reunião de vários nacionalistas das colónias portuguesas e pela FRAIN - Frente Africana para a Independência Nacional das Colónias Portuguesas, estabelecida durante a 2ª Conferência dos Povos Africanos, realizada em Tunes, em janeiro de 1960. A FRAIN foi criada por Amílcar Cabral, Hugo Azancot de Menezes, Lúcio Lara e Viriato da Cruz, reunindo inicialmente o Partido Africano da Independência da Guiné e Cabo Verde (PAIGC) e o Movimento Popular de Libertação de Angola (MPLA).

A União Geral dos Estudantes da África Negra (UGEAN) começou a desenvolver-se no seio do Movimento Anticolonial entre 1959 e 1960 (MAC, fundado em 1957, em Paris). Sob a impulsão de José Carlos Horta e do Comité Diretor Provisório — constituído por Luís D'Almeida (Angola), José Fret (São Tomé e Príncipe), Carlos Rocha e Edmundo Rocha (Angola), e pelo próprio Horta (Moçambique) —, a UGEAN inicia as suas atividades com o objetivo de obter reconhecimento internacional por parte dos movimentos internacionais de estudantes, em particular da União Internacional de Estudantes (UIE, fundada em 1946, com sede em Praga). Paralelamente, começa a angariar as primeiras bolsas de estudo, destacando-se como bolseiros iniciais estudantes que mais tarde viriam a assumir algum papel de relevo na história pós-colonial destes países: João Cruz Pinto (Guiné), Manuel Pinto da Costa (São Tomé e Príncipe) e Artur Janeiro da Fonseca (Moçambique).

Entre os dias 22 e 25 de setembro de 1961, realiza-se o Congresso Constitutivo da UGEAN em Rabat (Marrocos), revelando-se um grande sucesso e contando com importantes apoios da UIE e da CONCP, para além da presença de diversos dirigentes de movimentos progressistas africanos, com particular destaque para o MPLA, o PAI e a UDENAMO.

Os anos seguintes são atribulados, marcados por disputas políticas e ideológicas, decorrentes do surgimento de organizações nacionais de estudantes associadas aos movimentos de libertação — em particular, a União Nacional dos Estudantes Moçambicanos (UNEMO), fundada em Paris em 1961 e com ligações à FRELIMO, e a União de Estudantes Angolanos (UNEA), fundada na Suíça em 1962 e com ligações à UPA. Apesar da realização do 2.º Congresso e de um Seminário sobre Unidade (1963, Rabat), a crise da UGEAN vai-se acentuando devido a estas disputas. O período seguinte é marcado pela progressiva fragmentação da organização. O 3.º Congresso, convocado para 1965, é cancelado, sendo substituído por uma reunião do Conselho Consultivo, realizada em Nuzov (Checoslováquia), entre 22 e 25 de setembro. Para além de várias decisões políticas, nesta reunião dá-se também a expulsão de José Carlos Horta da UGEAN.

Desde então, a atividade da UGEAN entra em declínio, havendo pouca informação sobre o seu fim. No entanto, mantém-se a publicação de um boletim de informação no ano de 1966 (consultável em formato digital no AHS, com o código de referência: CAHS-MNA-150).